Jest to wieś, której początki sięgają XIX w. Dokładna data jej powstania nie jest jednak znana. Do końca II Rzeczypospolitej, kiedy to istniało samodzielne miasto Dubienka bez gminy terytorialnej, a wioski wokół należały do gm. Białopole (która kończyła się na Skryhiczynie włącznie), Zagórnik należał do sąsiedniej gminy Horodło (A. Wawryniuk, dz.cyt., s. 159-162 i podane tam pozycje).
Spis powszechny z 1921 r. podaje, że w Zagórniku znajdowało się 13 domów z 78 mieszkańcami: 41 mężczyzn i 37 kobiet. Na to składało się 45 prawosławnych i 33 katolików, wszyscy zadeklarowali, iż są Polakami. Do swych świątyń parafialnych jeździli do Dubienki, która jest dużo bliżej Zagórnika niźli Horodło, które było wtedy ich gminą. Wg wykazu parafii prawosławnych w hrubieszowskiem w 1924 r. w Zagórniku mieszkało 57 katolików i 55 prawosławnych (A. Wawryniuk, dz.cyt., s. 159-162 i podane tam pozycje).
W 1942 r. w wiosce mieszkały 83 osoby (Arch.Państw.Lub. o/Chełm – St.Pow. w Hrubieszowie, sygn. 1177). W 1947 r. w Zagórniku mieszkało 55 osób. W 1947 r. godność sołtysa w Zagórniku piastował Kazimierz Porada, tak samo figuruje jako sołtys w roku 1953.
Likwidacja gmin w 1954 r. odłączyła wieś od Horodła i podporządkowała ją gromadzkiej radzie narodowej w Skryhiczynie (Arch.Państw.Lub. o/Chełm – Akta gminy Horodło, sygn. 56). Od tegoż roku Zagórnik znajdował się w gromadzie Skryhiczyn (Dz.Urz.Woj.Rady Narodowej w Lublinie 1954, nr 15, poz. 64). Po restytucji gmin Zagórnik znalazł się w gminie Dubienka (A. Wawryniuk, dz.cyt., s. 159-162 i podane tam pozycje).